من فروع علم البيئة الرئيسية ما يلي:
علم البيئة الفسيولوجيّ:
يبحث في تأثير العوامل البيئيّة الحيّة وغير الحيّة على فسيولوجيا الكائن الحي وتكيفّه مع بيئته.
علم البيئة السّلوكيّ:
يبحث في الأساس التّطوّريّ والبيئيّ لسلوك الحيوان، ودور السّلوك في تكيّف الحيوان مع بيئته.
علم بيئة السّكان أو الجماعات:
يبحث في ديناميكا أو تحركات الجماعات وتفاعلها مع الظّروف البيئيّة المختلفة.
علم بيئة المجتمعات:
يبحث في التّفاعلات والعلاقات بين الأنواع المختلفة في المجتمع الواحد.
علم أنظمة البيئة:
يبحث في مسار انتقال الطّاقة والمادة في الأنظمة البيئيّة.
علم البيئة الصّحيّ:
يبحث في قضايا صحّة البشر التي تتعلّق بالاضطرابات البيئيّة.
علم بيئة المناظر الطّبيعيّة:
ويبحث في العناصر المكانية للمناظر الطّبيعية، وتأثير البشر والاضطرابات عليها.
علم البيئة العالميّ:
ويبحث في المسائل البيئيّة على مستوى العالم.
علم البيئة التّطوريّ:
ويبحث في تطور الأنواع والتّفاعل ما بينها.
علم البيئة اللّغويّ:
ويبحث في العلاقة بين اللغة والبيئة.
